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「超越」はいわゆるクラスチェンジで、これを持つエクスは特定の段位に達するか、特定の神器を装備しての昇段が行われた際に、上位のエクスに超越。主人公またはエクス個体の第１属性での相違や、超越時のパラメーター条件が必要な場合もあります。（ ）表記の数値は超越に必要な段位、またはアイテムや条件となっています。
クリア後でないと遭遇しないヤイバがそれ以前に欲しいとか、サムライとして登場するエクス（オトヒメやコダマなど）や、出現率が低いエクスをヤイバにしたいという場合は有用。しかし同じ剣術なら超越前の方が早期に修得するため、昇段修得固有の剣術を覚えるエクスなら、段位18や30での超越は見送った方が効率的。 レア度高なエクスは野戦での捕獲以外に入手方法が用意されている場合も多く、どうしても使いたいなら、エンカウントより超越を狙って育てた方が早いと思われます。育てた挙句たいして珍しくないヤツになってガッカリすることもあるけど（レア度Ｂ→Ｓ→Ｂのよーな移行は何やら許せんものがある）。 |
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| 第１段階 | 第２段階 | 第３段階 | 補足 |
| アカズキン | フブキ（18） | フブキの出現は場所・期間とも限られる。ヤイバとして使うなら、シラユキと変わらない。 | |
| アカヒゲ / シロヒゲ | カイチ（18） | エメラルドリーフ（30） | アカヒゲからは黒地属性、シロヒゲからは白地属性。育てるだけムダの筆頭。 |
| アカボウシ | コダマ（18） | コダマはエクス単体の出現はないので、ヤイバとして使いたいなら。 | |
| イッカク | エイカク（18） | シマクジラ（30） | レア度Ｓ→Ｓ→Ｓで超越にかなりのメリットがあるとも言えるが、そもそもイッカクの捕獲からして困難。エイカクはヒミツで手に入るが、シマクジラ共にクリア後の登場だし。 |
| オツカレサマ | ゴクロウサマ（18） | まぁ、育てるだけ無駄にオツカレサマでゴクロウサマなだけでしょう。どっちもＢだし。 | |
| オヤユビヒメ | シラユキ（18） | バニラさんがいるから必要ないです。 | |
| 怪獣シンザン | 大怪獣テンザン（信頼 0） | 個人的にとある事情でクリア前にテンザンが欲しい為、是が非でも育てる。神器の「浮気の証拠」や「反逆のバッチ」を装備しておくと、信頼０での超越が可能。 | |
| カゲボウシ | サトリ（18） | サトリをヤイバにしたいなら。 | |
| 感激オーウナギ | 発明オーナマズ（18/主人公白) | いずれも特筆すべきもんがない上に珍しくもない。降下回遊魚のウナギから淡水魚のナマズと海水魚のフグになるのは、超越と言えるのかどうかナゾ。 | |
| 爆発オーフグ（18/主人公黒) | |||
| コケコ | センリ（18） | ライン（30） | センリは青葉の御柱にしか出現せず、しかもＳ。育てる方が無難とはいえ、ラインになると可愛いくない上に珍しくないのは許せん。 |
| コマウサギ | イダテン（18） | イダテンをヤイバにしたいなら。カグヤでプレイすると、西桜都の空港でヤイバにできるが、マサムネだとユメツムギ。 | |
| タマコガネ | ムサシクワガタ （18） | ショウグンカブト（30） | 白火属性からはショウグンカブト、黒水属性からはコウゴウカブトに。コガネムシ→クワガタムシ→カブトムシという進化形態らしい。 |
| コウゴウカブト（30） | |||
| ツキノワ | ビャクヤ（18/主人公白) | そういう仕様なのかたまたまなのか不明だが、主人公の第１属性によってエクスの出現率に差が出る傾向があるようで（序盤は特に思わなかったが）、後半になるとビャクヤにとんと会わなくなってしまった。 …が、ウチじゃ超越後の属性を変えても、マサムネだと同じく後半はビャクヤに遭遇しずらかったので、何らかの設定があるかどうかはやっぱり不明。 |
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| ツキカゲ（18/主人公黒) | |||
| ニジガラス（愛） | シツレンヒメ（真実の鏡） | どちらもレア度Ｓだが、シツレンヒメは早期にヒミツでヤイバにできる。ニジガラス（愛）を捕獲する方が困難。 | |
| ニジガラス（青） | カイヨウコウテイ（真実の鏡） | Ｓでクリア後の沖縄で出現するカイヨウコウテイは、ニジガラスの中では唯一、超越させても「それほど」無意味ではない。 | |
| ニジガラス（白） | リクルス（真実の鏡） | リクルスはＡだが、わりと遭遇できるエクスなので、アイテム使ってまでして超越させる程のもんでは…。 | |
| ニジガラス（赤） | アカメ（真実の鏡） | 真実の鏡わざわざ使って、なんでアカメだ。その辺にいくらでもいるし、ニジガラスの方がラブリーだ。 | |
| ニジガラス（黒） | ヤミフクロウ（真実の鏡） | 真実の鏡わざわざ使って、なんでヤミフクロウ以下同文。 | |
| ニジガラス（緑） | カザミドリ（真実の鏡） | 真実の鏡わざわざ使って、なんでカザミドリ以下同文。 | |
| ネコマタ | ハクビョウオウ（18/主人公白) | 発見するだけならエス戦で黒白どちらかは見れるが、初ヤイバにコケコを選択すると、図鑑が埋まりにくいっつーか、いつも最後の方まで残ってくれる。 後々遠相模の洞を徘徊しまくるのが面倒なら、最初にネコマタを選択するなり終盤に捕獲するなりして、超越。 |
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| コクビョウオウ（18/主人公黒) | |||
| ハクギンリュウ | オウゴンリュウ（光の王冠） | 光の王冠使うくらいなら、ゲーセンでしょ。オウゴンリュウは最低枚数のメダルで入手可能な、極めて矛盾したレア度Ｓ。 | |
| ハコガメ | オトヒメ（信頼 100） | オトヒメをヤイバにしたいなら。 | |
| ハチゴウ | ヒャクビシン（18/主人公白) | ネコマタ路線と同様。こっちは長野の忍者屋敷を徘徊するのが面倒なら超越。 | |
| ヒャッキロウ（18/主人公黒) | |||
| ハヤウチ | アカセンコウ（18） | 青葉の御柱と地下通路出口の間を往復しまくるのがイヤなら、ハヤウチを超越させる。 | |
| ホシネズミ | ナナホシネズミ（信頼 100） | 長野〜仙台間を往復していると、黒川の洞でナナホシには結構会った。が、マガホシには全く会わなかったので、なんでだ？と思って洞窟の左側を徘徊してみたら遭遇。 でも別のプレイ時には右側でも会ったし、エリアでの出現率に差があるのかも？ |
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| マガホシネズミ（信頼 0） | |||
| マクロ | ニジガラス（黒）（10） | 超越のみにメリットがあると言っても過言ではない。大抵は１戦すれば超越できるから、何度か試してもそれほど手間はかからないが、ヤイバとして使うとなると問題がある。 何故なら、パラメーターがどう見てもタマゴのままだからだ。つまり外見は変わるが、防御力ばっかり高いサイガやオウゴンリュウになってくれたりするワケで、何やら騙されているよーな気になるっつーか、騙された。 |
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| マガホシネズミ（10） | |||
| サイガ（10） | |||
| マシロ | ニジガラス（白）（10） | ||
| ナナホシネズミ（10） | |||
| オウゴンリュウ（10） | |||
| ミコトダマ | カゲキガエル（18） | 頻繁に会ったような気がするが…よく見たらカゲキガエルはレア度Ａ。 | |
| ミズホムラ | オオホムラ（18） | 青札の洞窟にはオオホムラの他にもＡとＳのエクスがいるから、まとめて探すといいかも。 | |
| ミヤマムサシ | ヤミショウグン（30） | ミヤマムサシは事実上の固有エクスだが、ヤミショウグンは捕獲が一応可能。超越させるとブサイクになるし、損した気分に…。個人的にはミヤマムサシのままでいい。 | |
| ヤエ | マドカ（信頼 0） | ヤエはフブキと同じく出現が限られる。マドカをヤイバにしたいなら、ヤエを予め捕獲。 | |
| リュウオウジ | セイリュウオウ（光の王冠） | テンザンと同じ理由で是が非でも育てる。 | |
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以下は通信交換による条件があるもの…らしいが、生憎と当方では通信が不可能なため未確認。
てゆーか、そもそもこのソフト、通信ができるほどに普及しているとは思えんのだが。 |
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| 宇宙クラゲ | 宇宙タコ（18） | 宇宙イカ（通信交換） | 通信交換が必要なものはいずれもレア度Ａ。クビハネは結構見かけたけど、サイガはなかなか出会わなかったかなぁ。 |
| コウガ | イガ（18） | サイガ（通信交換） | |
| ハイカブリ | クビハネ（通信交換） | ||